Mãi đến đầu năm 1952, chính quyền Trung Hoa Dân Quốc tại Đài Loan mới có quyết định rõ ràng cho tương lai của những người tị nạn Phú Đài. Một cơ quan xử lý việc đưa những người Phú Đài sang Đài Loan được thành lập. Cơ quan này cũng cho xây dựng nhiều hạ tầng cơ sở để đón nhận những người Phú Đài về định cư ở Đài Bắc, Trung Lịch, Đài Trung, Đài Nam, Đài Đông và một số nơi khác, được đặt tên là "Phó Đài tân thôn" [11] Từ ngày 16 tháng 5 đến ngày 28 tháng 6 năm 1953, bảy lượt tàu vận tải dân sự và tàu đổ bộ hải quân đã được điều động đưa những người Phú Đài đến Đài Loan.

Ngày 2 tháng 6 năm 1953, nhóm binh sĩ Phú Đài đầu tiên đến Cao Hùng, và họ biên chế vào lực lượng Thủy quân lục chiến, thuộc Tiểu đoàn bộ binh số 4 của Lữ đoàn 1 và Tiểu đoàn bộ binh thứ 6 của Lữ đoàn 2. Những người còn lại được hợp nhất vào Trường Hạ sĩ quan Hải quân (lúc đó thuộc quyền quản lý của Thủy quân lục chiến), các đơn vị pháo binh trực thuộc lữ đoàn và đại đội trực thuộc lữ đoàn. Những người già yếu hay tàn tật được cho thoái ngũ. Một đoàn văn nghệ do những người Phú Đài thành lập ở Phú Quốc, sau khi đến Đài Loan, đã phát triển thành Đoàn Dự kịch Đài Loan ngày nay.